大部分運費發票不能抵扣，特定情況下可以抵扣。增值稅一般納稅人所支付的運輸費用，運費結算單據準予抵扣。大部分貨運發票種類準予計算進項稅額扣除，但是納稅人取得的貨運定額發票不予抵扣。
法律依據：
《《中華人民共和國增值稅暫行條例》》第八條
納稅人購進貨物、勞務、服務、無形資產、不動產支付或者負擔的增值稅額，為進項稅額。
下列進項稅額準予從銷項稅額中抵扣：
(一)從銷售方取得的增值稅專用發票上注明的增值稅額。
(二)從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額。
(三)購進農產品，除取得增值稅專用發票或者海關進口增值稅專用繳款書外，按照農產品收購發票或者銷售發票上注明的農產品買價和11%的扣除率計算的進項稅額，國務院另有規定的除外。進項稅額計算公式：
進項稅額=買價×扣除率。
(四)自境外單位或者個人購進勞務、服務、無形資產或者境內的不動產，從稅務機關或者扣繳義務人取得的代扣代繳稅款的完稅憑證上注明的增值稅額。
準予抵扣的項目和扣除率的調整，由國務院決定。
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